大変助かりました。
ありがとうございました。

「たとえば、リンクと実行したい場合…」の”リンク”には

a href=”http://google.com/” title=”Google” rel=”gb_page_center[480,360]” /a
と書いています。

マーカークリックでgreyboxを表示させることはできますよ。
実行順序の問題と以外の記述方法が分からず、できない方が多いのではないでしょうか？
情報が少なめですので、書き残す意味でもコメントさせていただきます。

[実行順序について]
1.greybox
2.Google Maps API
の順で実行されるのだと思いますが、greyboxは実行時に読み込まれたリンクのみに反応するようですので、後から実行されたGoogle Maps APIのリンク等に反応できません。

そこでマーカーをすべて表示した後に、次の２つを追加します。

GB_SETS={};
//※greyboxセットを空にする(greyboxのセット機能を使う場合必須。greyboxの使い方によるが、これが無いとセットが増え続ける場合がある)

decoGreyboxLinks();
//※表示中のリンクを強制的に読み込み、クリックでgreyboxが実行できるようにする。

これで、実行順序によてgreyboxが反応しない現象を回避できます。
情報ウィンドウ中のリンクであれば、これで正常に機能すると思います。
つまり、
1.greybox実行
2.Google Maps API実行
3.greybox再読み込み
の順序となります。

[マーカークリックでgreyboxを表示する方法]
たとえば、リンク　と実行したい場合、Google Maps APIのマーカークリックイベントに、
GB_showCenter(”Google”,”http://google.com”,360,480);
を追加します。

これでマーカーをクリックすると、直でgreyboxが表示できます。

ほかの機能（例：gb_imageなど）の場合、gb_scripts.jsファイルを開いてその文字列で検索します。
if(_17==”gb_image”){
a.onclick=function(){
GB_showImage(_1a.caption,_1a.url);
return false;
};
たぶん、ココが検索されるので、ファンクション名が「GB_showImage」で、引数が２つ（_la.captionとla.url）であることがわかります。引数を予測して何らかの値を代入した形で、Google Maps APIの実行コードに追記してください。すべての機能が使えるようになると思います。

※バージョンによって異なるのかも知れませんが、少なくとも現行のものではうまくいっています。